O Colégio São José conta com quatro laboratórios nos quais são realizadas atividades práticas que desenvolvem a habilidade de resolução de problemas, a curiosidade e o pensamento lógico dos alunos.

Nossos dois Laboratórios de Informática possuem equipamento moderno e são utilizados para familiarizar os alunos com o funcionamento e uso correto de computadores. O Laboratório de Biologia é uma instalação voltada para o ensino por meio de observação, equipado com microscópios e pronto para aproximar os estudantes do conhecimento que os cerca. E o Laboratório de Química é uma instalação que preza pela liberdade e experimentação no proceso de aprendizado, executando experimentos práticos de forma segura e didática.