O ensino integral oferece o rápido desenvolvimento intelectual das crianças através da intensificação de atividades escolares, aulas culturais, educacionais e esportivas, entre elas dança, artes e jogos. A estrutura para o Ensino Integral é maior, o cronograma diário e toda a equipe disponível oferecem organização na alimentação balanceada e descanso necessário para os alunos.
Além do mais, o Colégio São José disponibiliza ensino integral para os alunos do infantil baby, ensino infantil e ensino fundamental. Neste sistema os alunos desfrutam ao máximo do colégio e também da Academia Hydrofit, que possui estrutura completa de lazer e esportes em 15 mil m². O tempo é dividido entre atividades intelectuais, esportivas e descanso. Dança, música, artes, teatro, experimentos, jogos e complemento conceitual nas atividades curriculares obrigatórias fazem com que os alunos do ensino integral estejam um passo a frente no conhecimento, raciocínio e habilidades em geral.
